Marc Márquez már a kvalifikáció elején jelezte, hogy komolyan gondolja a pole-t: pályarekorddal nyitott Motegiben. Jorge Martín azonban felvette a kesztyűt, tovább faragta a rekordot, és végül megszerezte az első rajtkockát.
A MotoGP mezőnye ezen a hétvégén megkezdte ázsiai turnéját, amelynek első állomása Motegi. A japán hétvége pénteki napját a Márquez testvérek uralták: Az első szabadedzésen Marc, míg az edzésen Alex Márquez bizonyult a leggyorsabbnak, Pedro Acosta lett a második, Marc Márquez a harmadik, miközben a vb-éllovas Jorge Martín épen hogy, nyolcadikként szintén megváltotta jegyét a Q2-re.
A nap nagy vesztese ismét Francesco Bagnaia lett: a tavaly Motegiben mindkét futamot megnyerő Ducati-pilóta ezúttal sem tudott bekerülni a legjobb tízbe, így szombaton a Q1-ben kellett megküzdenie a továbbjutásért. A Ducati számára különösen kellemetlen helyzet alakult ki: miközben Alex és Marc Márquez is az élmezőnyben végzett, Bagnaia a mezőny második feléből várta a kvalifikációt.
A hazai pályán szereplő Ai Ogura számára sem alakult jól a péntek: technikai hibája miatt az edzést piros zászlóval is meg kellett szakítani, miután az Aprilia folyadékot hagyott a pályán. Csapattársa, Raúl Fernández szintén nem jutott be automatikusan a Q2-be.
Q1
A Q1-ben így bőven volt kinek javítania a pénteki napon. A kvalifikáció első szakaszában a Trackhouse versenyzői gyorsan az élre álltak, miközben Bagnaia beférkőzött a második helyre Ogura mögött. Brad Binder számára azonban hamar véget ért a remény: a dél-afrikai bukással zárta az időmérőt.
A hajrában aztán megfordult a sorrend: Raúl Fernández feljött a második helyre, ezzel megszerezte a továbbjutást a Q2-be, miközben Bagnaia számára ismét bezárult az ajtó. A Ducati három versenyzője, Fermín Aldeguer, Franco Morbidelli és Bagnaia is elvérzett a Q1-ben, így a kvalifikáció második szakaszában már nélkülük folytatódott a küzdelem.
A kvalifikáció második szakaszát Marc Márquez egy bombakörrel kezdte, amellyel jelentősen megjavította a körrekordot. Mögötte Álex Márquez kezdett a második helyen, míg Jorge Martín a harmadik helyről várhatta a folytatást. Álex Márqueznek ezután volt válasza, de néhány századdal így is elmaradt bátyjától, miközben Marco Bezzecchi és Pedro Acosta is javítani tudott, és ezzel felkapaszkodtak a harmadik, illetve negyedik pozícióba.
A rövid szünet után több versenyző is erős időkkel kezdett. Az kvalifikáció elején még úgy tűnt, hogy Marc Márquez olyan névjegyet tett le köridejével, amivel senki nem tud versenybe szállni. Jorge Martínnak azonban sikerült erre a köridőre még egy lapáttal rátennie: újabb pályarekorddal állt az élre. Marc eközben tovább próbálkozott, de hibázott, és a kavicságyat is meglátogatta.
A hajrában Johann Zarco bukása miatt előkerült a sárga zászló, így a mezőnynek maradt még egy utolsó lehetősége. Marco Bezzecchi megpróbált előrébb lépni, de végül csak a negyedik helyig jutott, miközben az utolsó gyors körökön nála és Marc Márqueznél is érkeztek a piros első szektorok. Bezzecchi mögött Pedro Acosta érkezett a szélárnyékban, és ezzel felkapaszkodott a harmadik rajtkockát érő pozícióba. Marc Márquez már nem tudott javítani, így Martín mögött a második helyen zárta a kvalifikációt.